藤沼悟（满岛真之介 配音）拥有着能够回到过去的特异功能，母亲佐知子（高山南 配音）被害，曾经信赖的朋友白鸟润（水岛大宙 配音）即将作为儿童连续杀人案的真凶被处以死刑，在这个节骨眼上，悟忽然回到了1988年，回到了当时就读的小学。 　　彼时，在杀人案件中死去的同班同学雏月加代（悠木碧 配音）和山田广美（鬼头明里 配音）尚未被害，悟决心利用自己的能力保护加代和广美的安全，洗清白鸟润身上的冤屈，并且找到真正的幕后黑手。在悟的努力下，个性阴沉孤僻的加代终于向他敞开了心胸，两人结下了深厚的友谊。很快，案件发生的那一天来临了，茫茫的黑夜过去，当光明来临时，悟能否再度看见加代天真的笑脸呢？

《只有我不存在的城市》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到对贪婪自私的讽刺也可看到独立成长的重要性。《只有我不存在的城市》完美的诠释了人该如何面对自我，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最为出色的佳作。故事简单而抽象，传递着满满正能量的情感，《只有我不存在的城市》有着对爱的探讨，生活中的每一个瞬间，对我们来说，那都是一种成长。快乐是很简单的，快乐就是要有目标有追求;保持一颗纯真的童心;发自内心的微笑;懂得去宽容他人。无论在生命中是会遭遇有多少的困苦、艰难和波折，我们都是要保持淡然的心态。。侧面反映出了现代人对单纯、美好事物的渴求。