宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）和宫川敦美（钉宫理惠 配音）是情同手足的兄妹，两人之间的感情十分深厚。敦志只是一个小学五年级的学生，却拥有着一米八零的大高个，看起来十分稳健成熟。而敦美已经升入了高中二年级，却是个身高只有一米三七的萌妹子。　　走在外面，敦志和敦美常常会被误认为是兄妹，两人的身高和样貌亦常常闹出不少的笑话，实际上，是娇小的敦美一直在保护和照顾的敦志。将敦志误以为是高中生而暗恋着他的沙夜（平野绫 配音），天真单纯的班主任盛山二见（田宫智惠 配音）、敦志暗恋着的同班同学小雏（内田彩 配音），是这些朋友们围绕在敦志和敦美的周围，在他们最需要帮助的时候伸出援手。

《竖笛与双肩背包》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到弱肉强食的社会也可看到不忘初心的那份勇敢。《竖笛与双肩背包》完美的诠释了一个美丽的童话，也是一个现实的童话，营造了一个乌托邦式的社会，这部动画是导演最为出色的佳作。故事简单而抽象，传递着满满正能量的情感，《竖笛与双肩背包》有着对爱的探讨，爱作为一种情感，本身很难有一个精确的定义，主角从一开始的冷漠、自私、怯懦，逐渐变成了一个懂爱的女孩，她忍耐、恩慈、包容，这些都是爱所包含的元素。侧面反映出了善良总是能压倒一切，只要付出，善良的人总会获得回报。