日清戦争後、極東の権益をめぐって日本とロシアの関係は悪化。対ロシア戦争を見据えた日本はイギリスと同盟を結ぶ。英国駐在を経て帰国した真之は海軍大学校の教官に就任して次代を担う指揮官の育成に励み、一方で子規は俳句の革新を成し遂げ、壮絶な闘病の末に世を去る。日本政府は外交交渉による対露関係修復を図る一方で着々と開戦の準備を進め、真之も連合艦隊参謀に補される。そして、日本は遂にロシアとの断交を決定し、宣戦を布告する。連合艦隊はロシア極東艦隊の基地?旅順を攻撃するが、二度にわたる閉塞作戦に失敗し、真之は親友?広瀬武夫を失う。大本営は作戦を陸軍による旅順要塞の攻略に切り替えた。そして、日本人は近代文明の持つ恐怖を知ることになる。

《坂上之云第二部》的剧情创新性强，本剧结合时尚元素，描绘了一副弥漫着青春的气息的画面，剧中女主智商在线，该剧有多位偶像演员，但这部剧并没有偶像化、言情化，空洞肤浅地停留在感官快感层面，而是深入到精神美感层面。