奥村磷（冈本信彦 配音）自幼被神父藤本狮郎（藤原启治 配音）收养，某一日，磷发现了自己其实是撒旦之子的秘密，之后养父的惨死让磷下定居心走上了驱魔师的道路。磷所存在的世界被分为“物质界”和“虚无界”两大空间，人类生存于物质界，在虚无界中，则徘徊着凶残暴戾的魔鬼。　　身边接连发生的伤害事件让磷逐渐发现，某些虚无界的恶魔，趁虚而入潜入了人类世界。为了伸张正义保护同类，磷果断的担负起了驱魔的职责。在弟弟奥村雪男（福山润 配音）的帮助下，磷不断的向着真相前进，此时的磷也发现，造成这一切混乱的元凶，可能就藏在他们的身边。

《青之驱魔师》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到弱肉强食的社会也可看到对真善美的传递和描述。《青之驱魔师》完美的诠释了人该如何面对自我，营造了一个乌托邦式的社会，这部动画是导演最为出色的佳作。故事简单而抽象，传递着最为真挚的情感，《青之驱魔师》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了现代人对单纯、美好事物的渴求。