纱名（大和田仁美 配音）自幼生活在“研究所”中，从未涉足过外面的世界。她拥有能够任意改变周遭物体的超级能力，因此被当做“危险品”一般受到重重监护。某日，再也忍无可忍的纱名逃出了研究所，随即遭到了组织的追捕。无处可去的纱名在走投无路的境遇下遇见了名为?村藏六（大冢明夫 配音）的老者，善良的老人收留了纱名。　　藏六和孙女早苗（丰崎爱生 配音）过着相依为命的生活，如今家中多了一个女孩，生活倏地热闹起来。和纱名一起逃出来的，还有个性大大咧咧自由奔放的雏雾朝日（藤原夏海 配音）和她的双胞胎妹妹雏雾夜长（鬼头明里 配音），女孩们所要面对的，是步步紧逼的研究员以及她们扑朔迷离的身世。

《爱丽丝与藏六》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到现实的真实生活也可看到对真善美的传递和描述。《爱丽丝与藏六》完美的诠释了一个美丽的童话，也是一个现实的童话，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最出色的佳作。故事简单但打动人心，传递着满满正能量的情感，《爱丽丝与藏六》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。