所谓的“除妖”，即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天，被妖怪附体的高中生·芦屋花绘，依靠偶然发现的联络方式，来到了专门除妖的物怪庵，在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。由于某些缘故，芦屋就这样以物怪庵奉公人的身份开始工作……安倍与芦屋的除妖组合和妖怪们的物语就此开幕。

《忧郁的物怪庵续》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到现实的真实生活也可看到独立成长的重要性。《忧郁的物怪庵续》完美的诠释了一个心灵的成长史，营造了一个乌托邦式的社会，这部动画是导演最出色的佳作。故事简单而深刻，传递着最为真挚的情感，《忧郁的物怪庵续》有着对爱的探讨，爱作为一种情感，本身很难有一个精确的定义，主角从一开始的冷漠、自私、怯懦，逐渐变成了一个懂爱的女孩，她忍耐、恩慈、包容，这些都是爱所包含的元素。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。