故事发生在一间名为达利亚学园的寄宿学校之中，这所学校矗立在孤岛之上，绝非外人轻易能够抵达。达利亚学园分为两派——东和国派与西众公国派，实际上，这两个国家之间正在进行战争，因此，两国的学生就读在同一所学院之中，气氛可谓是十分的紧张。　　东和国的学生与西众公国的学生都有着他们专属的公寓，而犬冢露壬雄（小野友树 配音）和朱丽叶（茅野爱衣 配音）分别是两个国家学生之中的两名领袖人物。然而所有人都不知道的是，这两个人表面身份敌对剑拔弩张，实际上却是秘密恋爱的地下情侣，这一层关系一旦被别人知道，整个学校就将陷入混乱之中。

《寄宿学校的朱丽叶》是部有着特色个性美的动画片，观众可从中观察到弱肉强食的社会也可看到对真善美的传递和描述。《寄宿学校的朱丽叶》完美的诠释了人该如何面对自我，营造的光影之梦是如此的卓尔不凡，这部动画是导演最出色的佳作。故事简单而抽象，传递着一种温暖的情感，《寄宿学校的朱丽叶》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了善良总是能压倒一切，只要付出，善良的人总会获得回报。