阎王宝藏一案之后,梅雨墨继承帝位,白雪晴逃离了京城。几年过去,阳城爆发瘟疫,蔓延至京城,梅雨墨带上佟安出宫微服私访,二人身陷黑店之际,被一日本女孩晴明所救。另一边,白雪晴同秦三川进京调查瘟疫的原因。机缘巧合之下,白雪晴与梅雨墨匆匆相遇......此时皇城深宫中,权倾朝野的六贝勒与仁贵妃似乎又有着不可告人的预谋。风雨欲来,随着帝国主义势力的渗透,大清江山摇摇欲坠......
《大清神捕2》叙述了一个饱满有力的故事,该剧色彩生动美丽,剧情丝丝入扣,特效生动,女主甜美,导演试图通过几个惟美的镜头告诉观众,在直面窘迫、绝望的现实生活境遇时,还要保持着一 种对美好事物一如既往的追求。