韦峻轩（罗仲谦 饰）间接害死了自己爱人胡家琳（朱锐 饰）的父亲胡冠佑（刘松仁 饰），既悔恨又不甘，但他又被韩朗（罗嘉良 饰）威胁，不得不与之合作。峻轩本想联合卧底子弹（王阳 饰）推翻韩朗，却不料韩朗私下爆出子弹好友伍永哲（梁汉文 饰）乃峻轩所杀，挑动子弹对抗峻轩。子弹冲动之下向警方爆料了峻轩的黑警身份，峻轩被羁押，因证据被韩朗销毁而未被起诉，但他已永远失去了警察的身份。胡冠佑一死，胜联群龙无首，众人为权明争暗斗。家琳继承了胡冠佑的一切遗产，因担心异母弟弟洛威（朱鉴然 饰），家琳自己也参与到胜联老大的竞争中。峻轩抓住了胜联内斗的机会加入胜联，其实这是缉毒科总督察张铤（吴廷烨 饰）的计策，原来张铤重新和峻轩取得联络，让峻轩混入胜联再做卧底，与同事苏晴（梁靖琪 饰）联络配合获取情报，戴罪立功。峻轩在胜联内遭受排挤，尤其旧情人家琳已经得知峻轩有份参与杀害她爸...

《无间道第二季》是一部讲述两人，共同守护两界和平的故事，本剧在视觉奇观的展现上更加大开大合，剧中所有水下戏份都为实景拍摄，该剧最大看点案情设置也多从现实社会问题出发，不同于以往的“时间”穿越，“空间穿越”给镜头语言带来了新的考验，让人有全新的体验，好评如潮。