故事发生在一座位于孤岛之上的学校里，在这里学习的，都是身怀绝技的超能力者。这些孩子们被告知，在不久后的将来，即将发生灾厄，为了能够应对来袭的“人类之敌”，他们必须在这与世隔绝的孤岛上接受生存训练。 　　外表可爱，拥有读心术的柊奈奈（大久保瑠美 配音）、无论受了怎样的伤害都能够自愈的小野寺京谷（中村悠一 配音）、可以令时间停止的涩泽阳平（增田俊树 配音）、拥有治愈他人外伤能力的犬饲满（中原麻衣 配音）、能令其他的超能力者的能力失效的中岛七男（下野纮 配音），当学校里开始出现死亡事件之时，这些孩子们能否使用他们的能力彼此保护呢？

《无能的奈奈》故事主线非常新颖，动漫保持一颗纯真的童心为核心，整体充满了丰富的文化内涵，配音是这部动画电影成功的关键，影片的设计相当真实。画风栩栩如生，角色设计程度很高，剧情看起来完全不幼稚或者沉闷，特效达到了极高的境界，是一部大胆创想，打动人心的动画片。