千百年来，女娲与原始天魔分别代表着正义与邪恶，自女娲创造出人类那天起，正与邪的较量就从未停止过。为统治人类，天魔派出天地盟主将神兽魔化，攻下了玉龙国。南宫城主南宫逸差遣儿子南宫问天和女儿南宫问雅代表自己到民间帮助受难的众生。兄妹二人各有绝活，他们和玉灵龙一起与天地盟主展开了殊死搏斗。杀至你死我活之机，神兵兽兽破壳而出，演化为神兵天晶，他与问天兄妹、玉灵龙一起，决意打败天地盟主，救出身处险境的父亲。于是，他们一路收集神兵神兽，历经千难万险，向邪恶势力发起了进攻...... 　　本片取材于香港漫画大师黄玉郎的《神兵玄奇》。

《神兵小将》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到对贪婪自私的讽刺也可看到不忘初心的那份勇敢。《神兵小将》完美的诠释了一个美丽的童话，也是一个现实的童话，营造了一个乌托邦式的社会，这部动画是导演最完美的佳作。故事简单而抽象，传递着满满正能量的情感，《神兵小将》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了现代人对单纯、美好事物的渴求。