保护地球、维护和平，奥特曼对于地球人来说曾经是神一样的存在，但是近几十年，他却消失不见行踪成谜……随之取替他的是钢铁飞龙精锐小分队——隶属于GSB地球安全保卫组织。而GSB近期不断收到地球能源异常报告，全球各地纷纷出现巨大灾难。GSB组织派出钢铁飞龙，查明能源异常原因，却意外发现事件与奥特曼有关系……新旧两代地球守护者的意外相见，却成为你死我活的敌对双方。到底，这是一场意外还是一场阴谋，是谁看到了最后的事实真相？

《钢铁飞龙之再见奥特曼》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到现实的真实生活也可看到独立成长的重要性。《钢铁飞龙之再见奥特曼》完美的诠释了人该如何面对自我，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最完美的佳作。故事简单而抽象，传递着最为真挚的情感，《钢铁飞龙之再见奥特曼》有着对爱的探讨，爱作为一种情感，本身很难有一个精确的定义，主角从一开始的冷漠、自私、怯懦，逐渐变成了一个懂爱的女孩，她忍耐、恩慈、包容，这些都是爱所包含的元素。侧面反映出了现代人对单纯、美好事物的渴求。