讲述小新等人组成的春日部防卫队受风间之邀，前往一所高档的私立学校体验生活，但风间却在体验入学后不久因奇妙的原因变成了一个“笨蛋”。春日部防卫队将和这所学校的学生会会长一起，克服一道道难题

《蜡笔小新：谜团！花之天下春日部学院》故事主线打破传统束缚，动漫以重视友谊，保持忠诚为核心，整体充满了神秘伤感的法式情怀，配音也是精益求精，影片的设计堪称艺术与娱乐的高度结合。画风使人大开眼界，角色设计完全贴合实际，剧情流畅丰富，特效想象丰富，是一部温暖而富有内涵的动画片。